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1 自然资源部第三海洋研究所在利用纳米抗体进行靶向蛋白降解方面取得进展 2024-03-17

抗体药物是近来医药研究领域的热点。相比传统抗体,纳米抗体由于其分子量小,蛋白稳定性好,亲和力和特异性强,具有极好的研究、应用前景。自然资源部第三海洋研究所海洋生物遗传资源重点实验室李增鹏课题组在海洋软骨鱼纳米抗体方面进行了多年的研究,构建了基于免疫、天然库、合成库、蛋白定向进化等纳米抗体研究平台,并取得了一系列科研成果。 蛋白质靶向降解技术(TPD)如PROTAC在过去20年取得显著进展,新的基于溶酶体的TPD策略如LYTAC、ATTEC和AUTOTAC技术推动了该领域的发展。最近的研究发现关键蛋白在降解过程中形成“降解凝聚体”,其中p62小体是典型代表,可能通过减少空间距离实现有效降解。 2024年3月5日,清华大学生命学院李丕龙课题组和第三海洋研究所李增鹏课题组在Cell Research杂志合作发表了题为An all-in-one targeted protein degradation platform guided by degradation condensates-bridging bi-specific nanobodies的研究工作。这项研究突破性地利用了一种全新的蛋白质靶向降解技术,名为PDF-Bin。该技术的核心创新在于发现并利用了一种双特异性纳米抗体,能够同时结合p62蛋白和靶标蛋白,从而将靶蛋白特异性地招募至p62降解凝聚体中,实现了高效的靶向降解。这种双特异性纳米抗体的应用,研究团队证明了PDF-Bin对于多种亚细胞定位和不同流动性的靶蛋白均具有降解效果,展示了其广泛的应用潜力。 此外,研究人员还发现PDF-Bin对于不同的靶蛋白选择了最优的降解途径,这一发现为蛋白质靶向降解技术的进一步优化和应用提供了重要启示。特别值得一提的是,该研究发现的双特异性纳米抗体相较于传统的小分子化合物具有更高的特异性和更强的结合力,从而降低了脱靶风险,为未来治疗药物的研发提供了更可靠的基础。 该研究为蛋白质靶向降解技术的发展和应用开辟了新的方向。该发现为解决难以成药的靶点提供了新的策略,并为未来的生物医药领域提供了新的研究方向。 本文的通讯作者为清华大学生命科学学院李丕龙副教授和海洋三所“深海微生物创新团队”成员李增鹏研究员。清华大学生命科学学院2020级博士生贾雯为本文的第一作者,自然资源部第三海洋研究所2021级硕士生李伟杰在本研究工作中做出了重要贡献。 文章链接:https://www.nature.com/articles/s41422-024-00942-3 查看详细>>

来源:国家海洋局第三海洋研究所 点击量:1

2 自然资源部第一海洋研究所在海洋详细规划研究领域取得一系列进展 2024-03-12

近日,自然资源部第一海洋研究所海洋空间规划与自然资源政策科研团队在海洋详细规划编制路径探索与技术体系构建领域取得进展,探索了基于陆海统筹的海洋详细规划技术体系,服务于“多规合一”的国土空间规划体系建设,为自然资源部“两统一”职责持续提供有力支撑。 在国土空间规划确定的“五级三类”框架下,海洋详细规划如何实现陆海统筹,如何满足精细化的管理诉求成为目前海洋空间管理关注的焦点。为实现海洋高质量发展和科学精细化管控目标,团队围绕总体规划和专项规划的传导内容,从陆海生态、功能、空间等三个不同维度探索海洋详细规划评估需求,基于刚性与弹性、规划与规则、存量与增量等规划编制逻辑关系,探索提出海洋详细规划编制的传导递进体系、内容框架与技术设计。构建评估模型及相关技术应用于深圳市小梅沙海域、三亚崖州湾科技城海域以及青岛海岸带详细规划试点,为国家与地方海域详细规划技术路线的确立和方法创新提供参考。 基于陆海统筹的深圳小梅沙海域详细规划实践中,结合海洋资源环境基础调查数据,开展精细化海洋空间综合评估,深化规划海域的体检评价,识别并连接陆海生态廊道,着力陆海功能协同,强化陆海空间缝合,探索提出陆海生态互通、陆海功能互动和陆海空间互联的整体规划路径。 崖州湾科技城海洋详细规划实践中,从基本认知、编制思路与实施路径开展综合评估,提出单元层面海洋详细规划编制的传导递进体系及其应尽力予以体现的内容框架,确立了“整体编制单元——基本管理单元——用海实施单元”的详规传导递进体系,逐级进行规划要素的空间数字转译,进一步提出通过海洋详细规划、管理实施办法以及管理信息化平台构建闭环传导流程,以实现目标统一、精准衔接的规划传导,保障海洋详细规划的顺利实施。 近期,青岛海岸带详细规划试点正式中标并启动。在相关项目支持下,团队先后在《城市规划学刊》等规划类权威期刊发表《国土空间规划视角下海洋详细规划基本认知、编制思路与实施路径思考》《基于陆海统筹的深圳市海域详细规划路径探索》《海洋思维下的城市转型探索——深圳建设全球海洋中心城市的建设路径》等研究成果。论文由自然资源部第一海洋研究所海岸带中心刘大海正高级工程师、邢文秀助理研究员等科研人员共同完成。 查看详细>>

来源:国家海洋局第一海洋所 点击量:3

3 我国大口径沉积物柱状取样技术取得新突破 2024-03-12

近日,中国科学院海洋研究所研发的大口径沉积物柱状取样系统在南黄海海域搭载自然资源部向阳红01科学考察船完成海上试验验证,获取单柱、连续、低扰动500毫米大口径柱状沉积物7.89米,创造了该海域大口径柱状沉积物的最长取样记录,填补了我国大口径沉积物取样领域的技术和装备空白。 据悉,传统柱状沉积物取样器取样口径多在110毫米左右,500毫米大口径沉积物取样系统并不是简单的取样管口径变粗,取样口径的加大带来了取样管连接困难、贯入深度小、管内样品脱落、吊装困难等诸多问题。科研人员创新性地提出“重力释放+往复式夯击”全新设计理念,采用立式收放、在线通讯控制、可视化、搭载多类水下传感器的作业模式,海试期间取样系统工作稳定,5次作业全部顺利回收,单次取样长度最长达7.89米,并取到了末次盛冰期以来低海平面时期的陆相地层样品。 大口径沉积物柱状取样系统主要用于大陆架埋藏态古人类遗址考古研究,大口径沉积物样品更易获取保存完整的地层堆积或古人类遗迹/遗物,对于认识古人类迁徙路径、定居模式、早期航海起源和理解史前人类对海平面和气候变化应对方式等关键科学问题具有重要意义。500毫米大口径沉积物取样系统的成功海试应用,将有效支撑我国东部陆架沉积环境与早期人类遗存探查等研究工作的开展,提升我国在大陆架范围早期人类文化文明起源考古研究领域的科研认知水平。 查看详细>>

来源:中科院海洋研究所 点击量:3

4 中国科学院海洋研究所完成银鲳高质量染色体水平基因组解析 2024-03-12

近日,中国科学院海洋研究所在银鲳基因组学研究方面取得新进展,首次发布了我国重要名贵经济鱼类——银鲳的高质量染色体水平参考基因组,相关研究成果以题为“Chromosome-level genome assembly of the silver pomfret(Pampus argenteus)”在Nature子刊《Scientific Data》(Q1,IF5year=10.8)在线发表。 银鲳(Pampus argenteus)隶属鲳亚目(Stromateoidei)、鲳科(Stromateidae)、鲳属(Pampus),广泛分布于西北太平洋近岸海域,从我国南海北部至日本、韩国和俄罗斯沿海均有分布。银鲳肉质细腻,油脂丰富,是我国重要渔业经济鱼类,具有极高的经济价值。银鲳的供应高度依赖于渔业捕捞,自上世纪80年代起,我国海洋捕捞强度不断增大,近些年以银鲳为主的鲳属鱼类年捕捞量已超过30万吨,导致银鲳面临野生资源极具衰退的风险。目前,我国银鲳人工繁育与养殖技术取得突破性进展,对银鲳野生资源保护和恢复具有重要意义。然而,银鲳对环境变化极为敏感,在运输和养殖过程中容易发生应激死亡,制约了银鲳养殖产业的发展。此外,银鲳形态特化,身体极为侧扁,无腹鳍,食道前部具有特殊的食道侧囊结构,为鲳亚目特有的关键演化特征,是银鲳适应捕食小型甲壳动物和水母的重要性状。 此前,海洋研究所刘静研究团队基于鲳属全球线粒体基因组数据以及形态和分布特征,首次明确了世界鲳属物种多样性和地理分布格局形成与演化历程。研究结果表明,目前,世界鲳属存在7个有效物种,即:银鲳P.argenteus、中国鲳P.chinensis、灰鲳P.cinereus、刘氏鲳P.liuorum、珍鲳P.minor、翎鲳P.punctatissimus和素鲳P.candidus;而过去文献中报道的镰鲳P.Echinogaster则为银鲳的同物异名。 在以前研究基础上,研究团队综合采用Illumina、PacBio CCS以及Hi-C测序技术对银鲳基因组进行了深度测序和组装,在国际上首次获得了银鲳的高质量染色体水平参考基因组,得到银鲳24条染色体单体序列,精确揭示了银鲳基因组大小为518.06 Mb,组装完成的基因组Contig N50长度达20.47 Mb,Scaffold N50长度达22.86 Mb,基因组完整度极高,达到染色体水平级别。重复序列占基因组的13.45%,获得了24,696个蛋白编码基因,BUSCO评估值高达98.90%。该研究成果为深入解析银鲳食道侧囊和腹鳍缺失性状演化、种质遗传资源评估、抗逆品种选育及银鲳渔业资源可持续利用等研究提供高质量参考基因组基础。 中国科学院海洋研究所为论文第一完成单位,分类室韦杰鸿博士生和开放室肖永双副研究员为论文第一作者,刘静研究员和徐奎栋研究员为论文通讯作者。本研究得到国家自然科学基金项目和中国科学院B类战略性先导科技专项资助。 论文目录: Jiehong Wei#,Yongshuang Xiao#,Jing Liu*,Angel Herrera-Ulloa,Kar-Hoe Loh,Kuidong Xu*.Chromosome-level genome assembly of the silver pomfret(Pampus argenteus).Scientific Data,2024,11:234.https://doi.org/10.1038/s41597-024-03070-0. Jiehong Wei#,Renxie Wu,Laith A.Jawad,Yongshuang Xiao,Kar-Hoe Loh,Angel Herrera-Ulloa,Yajun Wang,Jing Liu*,Kuidong Xu*.Species diversity and distribution of genus Pampus(Pelagiaria:Stromateidae)based on global mitochondrial data.Frontiers in Marine Science,2022,9:1050386.https://doi.org/10.3389/fmars.2022.1050386. 论文链接: https://www.nature.com/articles/s41597-024-03070-0 https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmars.2022.1050386/full 查看详细>>

来源:中科院海洋研究所 点击量:3

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