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中国科学院海洋研究所发表深海冷泉尾腔纲贝类高质量染色体水平基因组

编译者:liguiju发布时间:Feb 21, 2024点击量:16 来源栏目:科研动态

近日,中国科学院海洋研究所在深海冷泉贝类尾腔纲生物基因组学研究方面取得新进展,发表首个尾腔纲贝类高质量染色体水平参考基因组,相关研究成果在国际数据集期刊Scientific Data(Q1,IF5year=10.8)发表。成果发表后迅速引起了国内外广泛关注。Nature 旗下生命科学研究论坛Nature Research Life Sciences Community 邀请撰写研究背后的故事“Behind the Paper” (https://communities.springernature.com/posts/decoding-the-genome-of-a-cold-seep-aplacophoran-mollusc-chaetoderma-sp).

尾腔纲也被称为毛皮贝,是软体动物门中一支早期分化物种,多发现于深海,是目前研究较少的贝类之一。尾腔纲生物演化地位特殊,且具有显著不同于常见贝类的形态特征,身体呈细长的蠕虫状,体表无壳,覆盖有角质层和细小的骨针。但是由于基因组数据的缺乏,研究人员对尾腔纲贝类分子演化及其特殊环境适应性所知甚少。研究人员于2020-2022年期间,在中国南海F冷泉和海马冷泉采集到尾腔纲样本,并基于线粒体基因组进行了初步物种鉴定。随后,利用Illumina测序、 PacBio测序和Hi-C辅助基因组组装技术,组装得到尾腔纲生物高质量染色体水平基因组。尾腔纲生物基因组大小为2.45Gb,contig N50长度为1.06Mb, scaffold N50为141.46Mb, 挂载到17条染色体上,注释到23,675个蛋白编码基因。尾腔纲高质量染色体水平基因组的发布,对研究贝类壳的演化以及深海冷泉生物环境适应具有重要的意义。

本项目由开放室张琳琳、深海中心王敏晓和分类室张均龙三个团队共同合作完成,中国科学院海洋研究所开放室博士生王月、深海中心研究员王敏晓为论文第一作者,张琳琳研究员为论文通讯作者。本研究得到了青岛海洋科学与技术试点国家实验室山东省专项经费、中国科学院B类战略先导科技专项、国家自然科学基金、中国科学院A类战略先导科技专项等项目资助。 

【论文链接】Yue Wang#, Minxiao Wang#, Jie Li, Junlong Zhang, Linlin Zhang*. A chromosome-level genome assembly of a deep-sea symbiotic Aplacophora mollusc Chaetoderma sp. Scientific Data, 2024, 11:133. https://doi.org/10.1038/s41597-024-02940-x

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